Para 2012, la Copa Libertadores mantiene el sistema de disputa de los últimos años. En total, son seis etapas: primera fase, fase de grupos y las cuatro de ida y vuelta, desde octavos hasta la final. En la instancia clasificatoria son seis enfrentamientos y 12 equipos que disputan, en duelos de ida y vuelta, el derecho de participar de la fase de grupos.

Esa etapa está compuesta por ocho llaves de cuatro equipos y los dos mejores de cada grupo avanzan a octavos. Allí, el mejor primero se enfrenta con el peor segundo y así consecutivamente. Diferencia de gol, goles a favor, goles de visitante y sorteo son, en este orden, los criterios de desempate.

A partir de octavos entran en vigor los partidos de ida y vuelta, en donde el gol de visitante prevalece como criterio de desempate. En caso de igualdad luego del tiempo reglamentario, el duelo se definirá por penales. En caso de que dos equipos de un mismo país accedan a semifinales, ambos se verán obligados a enfrentarse entre sí.

La final, en cambio, tiene criterios peculiares. En este caso, el gol de visitante ya no cuenta como criterio de desempate. Si al cabo de 180 minutos persiste la paridad, se disputará una prórroga con dos tiempos de 15 minutos.
En caso de que la igualdad se mantenga, el título se definirá en los penales.